《基金会管理条例》自2004年3月8日以国务院令第400号公布、6月1日起施行以来，已运行二十余年，成为我国公益慈善领域的重要行政法规。随着慈善事业发展与监管需求变化，该条例的修订工作历经多轮推进：
早期启动与首次公开征求意见（2016年）
2016年《慈善法》颁布实施后，为做好配套衔接，民政部于当年5月发布《基金会管理条例（修订草案征求意见稿）》，面向社会公开征求意见，这是条例的首次公开征求意见，旨在适应慈善事业发展新形势，完善基金会监管制度，解决与慈善法衔接问题。
2018年，我国社会组织管理立法迎来重要调整，启动了三大条例合并工作。
《国务院2018年立法工作计划》将《社会组织登记管理条例》列入全面深化改革急需的项目，明确由民政部起草，旨在整合《基金会管理条例》《社会团体登记管理条例》《民办非企业单位登记管理条例》三大行政法规，构建统一的社会组织登记管理制度体系。2018年8月3日，民政部发布《社会组织登记管理条例（草案征求意见稿）》，将基金会、社会团体、社会服务机构（原民办非企业单位）三类社会组织的登记管理规范整合，统一登记条件、审批程序、内部治理和监督管理要求。尽管三合一立法思路体现了简化制度、统一监管的改革方向，但因三类社会组织差异较大、各方意见分歧等原因，《社会组织登记管理条例》最终未正式出台，《基金会管理条例》的修订回归单独推进路径。
连续三年列入国务院立法计划（2024-2026 年）
2024年5月6日，《国务院2024年度立法工作计划》将《基金会管理条例》修订列入预备修订项目，明确围绕增进民生福祉推进相关工作，标志着条例修订重新提上日程。
2024年12月，民政部再次发布修订草案征求意见稿，此次修订强化了基金会发起人和负责人责任，完善了治理结构与监管机制，是条例第三次启动修订的关键节点。
2025年5月4日，《国务院2025年度立法工作计划》将其调整为拟修订项目，由民政部负责起草，立法进程进一步提速，明确了责任主体与推进节奏。
2026年5月11日，《国务院2026年度立法工作计划》再度将其列入。
